Le attività di gestione e controllo di un Programma operativo spettano agli Stati membri e alla Commissione europea, secondo le rispettive responsabilità indicate agli artt. 74 e 75 del Regolamento (UE) n.1303/2013.
L'Autorità di Gestione ha la responsabilità di tutte le attività di gestione operativa e amministrativa delle operazioni, inclusa quella delle risorse finanziarie da assegnare ai soggetti che devono attuare i singoli progetti.
L'attività di controllo è finalizzata a garantire la corretta gestione finanziaria del Programma, quindi dei progetti e delle operazioni finanziate.
Per lo svolgimento di tali funzioni, l'Autorità di Gestione redige e adotta il Sistema di Gestione e Controllo (Si.Ge.Co.), che delinea la struttura, le funzioni e le procedure messe in atto dall'Autorità di Gestione e dall'Autorità di Certificazione.
Per la gestione e il monitoraggio dei progetti è a disposizione dei beneficiari il Sistema informativo SIGMA Inclusione.